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全球药典草药基因组数据库建成上线发表

文章来源: 作者: 发布时间:2021年08月17日 点击数: 次
由国家重点研发计划项目支持的全球药典草药基因组数据库已完成建设并上线,该数据库是全球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库,该研究近日在Science China-Life Sciences杂志发表。
该数据库目前已收录903个草药物种的34,346条数据,包括867个物种的21,872条DNA条形码数据,674个物种的2,203个细胞器基因组以及49个物种的55个全基因组数据等,所收录数据涵盖全球八大药典草药物种(中国药典、美国草药典、日本药典、韩国药典、印度药典、埃及药典、欧洲药典以及巴西药典)。所有数据进行统一格式化并开发、嵌入多个数据挖掘/分析工具,包括信息:阉、序列BLAST搜索、DNA条形码物种鉴定、基因组数据浏览器JBrowse等。
全球药典草药基因组数据库由陈士林领导的本草基因组团队建设完成。该数据库有效地将草药基因组数据统一整合,并提供不同层面的草药基因组学相关数据及分析工具,提升草药基因组数据价值,将为草药物种鉴定、用药安全、药效成分生物合成途径解析、优良品种分子育种等方面提供了极大的便利。
十大网赌网址廖保生、胡灏禹、肖水明为该论文的第一作者,徐江、陈士林为通讯作者,该研究得到了国家重点研发计划 “中药多组学研究及新品种选育”等项目资助。数据库访问地址:http://www.gpgenome.com。
 
图1 GPGD首页
 
图2 Global Pharmacopoeia Genome Database is an integrated and mineable genomic database for traditional medicines derived from eight international pharmacopoeias. SCIENCE CHINA-Life Sciences, 2021
 
图3 全球药典药用物种基因组数据库结构
 
图4 全球药典药用物种基因组数据库使用示例
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